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Participants:

Au cours de ce meeting, les huit Apps qui ont été developpées depuis janvier dernier ont été présentées. Actuellement, elles tournent toutes sur Brainlife et en local, seules mais aussi à la suite des autres. Elles n’ont été testées que sur du resting state.

Cependant, quelques points d’amélioration sont à apporter avant le :

  • app-head-pos : son output est pour le moment nommé headshape.pos, il serait sans doute préférable qu’il soit nommé head_pos.pos (car headshape.pos correspond à autre chose)

  • app-maxfilter : la fonction mne.maxwell_filter prend-t-elle comme input un fichier headshape.pos qui contiendrait la position de la tête en chaque début de run et pas la position de tête en continu durant l’enregistrement ? Cette information de position de tête est peut-être déjà incluse dans raw.info et serait lue implicitement par mne.maxwell_filter

  • changer les contenus des messages d’information (notamment quand on écrase ce qui est écrit dans raw.info['bads'] par ce qui est écrit dans channels.tsv)

  • voir s’il existe l'équivalent d’une “continuous integration” sur Brainlife

  • créer un dépôt GitHub “helper” où il y aurait un fichier helper.py où les fonctions qui sont utilisées d’une app à l’autre seraient écrites. Ce dépôt serait un sous-module des dépôts GitHub des Apps. Voir si cela fonctionnerait sur Brainlife

  • quand on créé un BIDSPath, supprimer le bids folder qui est créé

  • vérifier que dans le code les parties à être testées sont toutes taguées de la même façon (# to be tested par exemple) pour faciliter la navigation dans le code

  • demander à Soichi comment fonctionne les datatypes tags et les utilise

  • lancer les app sur des données avec des events

  • vérifier que les descriptions de paramètres sur BL et dans les README sont cohérentes et ne prêtent pas à confusion

  • faire une liste sur Confluence de toutes les faiblesses des Apps et les points qu’il faut améliorer

Prochain meeting :

  • savoir si possible d’utiliser un sous-module et l’avoir créé (ou avoir bien avancé sur ce point)

Soichi va mettre en place le git clone du dépôt

  • proposer des messages d’info (tous les réunir dans un tableau)

Tableau créé et envoyé à Max

  • avoir enlever les dossiers bids

Fait

  • regarder pour l’info sur les headshape dans mne_maxwell_filter

l’info est prise de raw.info mais demander confirmation à Richard

Meeting du

  • noms app : mettre soit compute soit apply dans leur nom ?

  • app-mean-transformation-matrix à renommer sans doute en app-alignment-matrix

  • ajouter dans le README de chaque app (ou sur Confluence) ce qu’il y a à améliorer “Next improvements”

  • ajouter une roadmap dans Confluence pour aider le futur arrivant dans ses tâches

  • ajouter une page qui décrit comment sont organisées les pages Confluence sur BL

  • faire un tuto simple des étapes à suivre pour bien prendre en main BL

  • créer déjà le helper.py, même si Soichi n’a pas encore mis en place le git clone

  • No labels