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Améliorations à apporter aux App existantes

Owned by Aurore Bussalb (Unlicensed)
Last updated: Jun 24, 2021
2 min read

May 27, 2021

Participants:

  • @Aurore Bussalb (Unlicensed)

  • @Maximilien CHAUMON

 

Au cours de ce meeting, les huit Apps qui ont été developpées depuis janvier dernier ont été présentées. Actuellement, elles tournent toutes sur Brainlife et en local, seules mais aussi à la suite des autres. Elles n’ont été testées que sur du resting state.

Cependant, quelques points d’amélioration sont à apporter avant le Jun 22, 2021:

  • app-head-pos : son output est pour le moment nommé headshape.pos, il serait sans doute préférable qu’il soit nommé head_pos.pos (car headshape.pos correspond à autre chose)

  • app-maxfilter : la fonction mne.maxwell_filter prend-t-elle comme input un fichier headshape.pos qui contiendrait la position de la tête en chaque début de run et pas la position de tête en continu durant l’enregistrement ? Cette information de position de tête est peut-être déjà incluse dans raw.info et serait lue implicitement par mne.maxwell_filter

  • changer les contenus des messages d’information (notamment quand on écrase ce qui est écrit dans raw.info['bads'] par ce qui est écrit dans channels.tsv)

  • voir s’il existe l'équivalent d’une “continuous integration” sur Brainlife

  • créer un dépôt GitHub “helper” où il y aurait un fichier helper.py où les fonctions qui sont utilisées d’une app à l’autre seraient écrites. Ce dépôt serait un sous-module des dépôts GitHub des Apps. Voir si cela fonctionnerait sur Brainlife

  • quand on créé un BIDSPath, supprimer le bids folder qui est créé

  • vérifier que dans le code les parties à être testées sont toutes taguées de la même façon (# to be tested par exemple) pour faciliter la navigation dans le code

  • demander à Soichi comment fonctionne les datatypes tags et les utiliser

  • lancer les app sur des données avec des events

  • vérifier que les descriptions de paramètres sur BL et dans les README sont cohérentes et ne prêtent pas à confusion

  • faire une liste sur Confluence de toutes les faiblesses des Apps et les points qu’il faut améliorer

 

Prochain meeting : Jun 1, 2021

  • savoir si possible d’utiliser un sous-module et l’avoir créé (ou avoir bien avancé sur ce point)

Soichi va mettre en place le git clone du dépôt

  • proposer des messages d’info (tous les réunir dans un tableau)

Tableau créé et envoyé à Max

  • avoir enlever les dossiers bids

Fait

  • regarder pour l’info sur les headshape dans mne_maxwell_filter

 

Meeting du Jun 1, 2021

  • noms app : mettre soit compute soit apply dans leur nom ?

  • app-mean-transformation-matrix à renommer sans doute en app-alignment-matrix

  • ajouter dans le README de chaque app (ou sur Confluence) ce qu’il y a à améliorer “Next improvements”

  • ajouter une roadmap dans Confluence pour aider le futur arrivant dans ses tâches

  • ajouter une page qui décrit comment sont organisées les pages Confluence sur BL

  • faire un tuto simple des étapes à suivre pour bien prendre en main BL

  • créer déjà le helper.py, même si Soichi n’a pas encore mis en place le git clone