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Cependant, quelques points d’amélioration sont à apporter avant le 18 :
app-head-pos : son output est pour le moment nommé
headshape.pos
, il serait sans doute préférable qu’il soit nomméhead_pos.pos
(carheadshape.pos
correspond à autre chose)app-maxfilter : la fonction
mne.maxwell_filter
prend-t-elle comme input un fichierheadshape.pos
qui contiendrait la position de la tête en chaque début de run et pas la position de tête en continu durant l’enregistrement ? Cette information de position de tête est peut-être déjà incluse dansraw.info
et serait lue implicitement parmne.maxwell_filter
changer les contenus des messages d’information (notamment quand on écrase ce qui est écrit dans
raw.info['bads']
par ce qui est écrit danschannels.tsv
)voir s’il existe l'équivalent d’une “continuous integration” sur Brainlife
créer un dépôt GitHub “helper” où il y aurait un fichier
helper.py
où les fonctions qui sont utilisées d’une app à l’autre seraient écrites. Ce dépôt serait un sous-module des dépôts GitHub des Apps. Voir si cela fonctionnerait sur Brainlifequand on créé un BIDSPath, supprimer le bids folder qui est créé
vérifier que dans le code les parties à être testées sont toutes taguées de la même façon (
# to be tested
par exemple) pour faciliter la navigation dans le codedemander à Soichi comment fonctionne les datatypes tags et les utiliseutiliser
lancer les app sur des données avec des events
vérifier que les descriptions de paramètres sur BL et dans les README sont cohérentes et ne prêtent pas à confusion
faire une liste sur Confluence de toutes les faiblesses des Apps et les points qu’il faut améliorer
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noms app : mettre soit compute soit apply dans leur nom ?
app-mean-transformation-matrix à renommer sans doute en app-alignment-matrix
Suggéré dans les améliorations
ajouter dans le README de chaque app (ou sur Confluence) ce qu’il y a à améliorer “Next improvements”
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ajouter une roadmap dans Confluence pour aider le futur arrivant dans ses tâches
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ajouter une page qui décrit comment sont organisées les pages Confluence sur BL
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faire un tuto simple des étapes à suivre pour bien prendre en main BL
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créer déjà le helper.py, même si Soichi n’a pas encore mis en place le
git clone
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