Présentation avancement du projet

Apr 7, 2021

Participants:

@Aurore Bussalb (Unlicensed)

@Laurent HUGUEVILLE

@GEORGE Nathalie

@Lydia Yahia Cherif (Unlicensed)

@christophe.gitton

Support de présentation

Open

Point abordés

• GitHub

  • utilisation de mon compte GitHub perso, il serait préférable d’utiliser le Gitlab de l’ICM

  • voir avec Franco et Soichi si possible de donner un lien Gitlab pour une App

  • sinon lier le dépôts Gitlab au dépôt GitHub de Brainlife

• app-temporal-filtering

  • enlever le resampling (faire une app à part pour ça) Fait

  • doit pouvoir s’appliquer aussi bien sur des données continues qu'épochées (de préférence ce doit être transparent pour l’utilisateur, si pas possible lui demander quel genre de données il donne en entrée) Fait

  • pouvoir appliquer plusieurs fois cette app (effectuer un notch après un passe-bas par exemple…) Fait

• Rapport html

  • mettre les informations liées au fichier traité en haut du rapport Fait

  • rappeler les paramètres de configuration (listés dans le config.json, ne pas forcément tous les préciser) Fait

  • pour rapport de l’app-bad-channels: faire un spectre pour les flat channels + good channels et un autre pour les noisy channels + good et un spectre avec seulement les bons canaux Fait

  • Afficher les spectres avant après à droite et à gauche respectivement pour plus de lisibilité

  • peut-être ne pas garder les représentations dans le domaine temporel

• app-create-events

  • créer une application qui créé des événements, son output serait la matrice d'évènements Fait

  • cette matrice serait stockée dans un .tsv (à ajouter au datatype meg/fif) Fait

• app-make-epochs

  • à partir des events crées par app-create-events Fait

  • ou à partir des events déjà présents dans le fichier Fait

• app-apply-ICA

  • doit pouvoir s’appliquer aussi bien à des données continues que discontinues

• app-channel-types

  • sélectionne les types de canaux (magnétomètres, gradiomètres, EEG….)

  • renomme les canaux si besoin (à partir d’un montage par ex), en utilisant des regexp

  • pratique quand on a besoin d’homogénéiser des datasets

• format des données

  • à l’issue de certaines apps, les données pourraient être ré-écrites dans plusieurs formats (par exemple après le resampling)

• Passer à l’EEG

  • certaines apps sont compatibles avec l’EEG (comme apply-ICA, app-temporal-filtering, …)

• Calcul SNR

  • à creuser

  • calculer un SNR pour gradiomètres et un autre pour magnétomètres

Récapitulatif de la réunion à Max

Apr 8, 2021

• app-create-events

  • peut-être lui permettre d’ajouter des annotations sur le signal

  • L'équipe de MNE travaille sur la création d’un tableau de metadata

• app-ICA

  • bien voir comment elle fonctionne sous MNE

  • MNE utilise beaucoup la projection ssp

• app-channel-types

  • faire une app qui sélectionne les types de canaux et une autre qui renomme les canaux

• Calcul SNR

  • faire une app qui le calcule ?

  • en entrée le signal et le bruit, et l’app fait le rapport des deux

• Rapport html

  • version MNE utilisée à ajouter Fait

  • mettre tous les paramètres Fait