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Compatibilité

Versions de MNE : on en choisit une et on s’y tient pour l’instant.

Au , la version 0.22.0 est utilisée.

Le container brainlife/mne:0.22.0 contient les librairies Python suivantes :

  • mne 0.22.2,

  • numpy 1.20.0,

  • scipy 1.6.0,

  • matplotlib 3.3.4,

  • scikit-learn 0.24.1,

  • pandas 1.2.1,

  • seaborn 0.11.1

Paramètres fonctions

Concernant les compatibilités / versions MNE (sur paramètres fcts et sur format fichiers lus/écrits)

Structuration des datatypes

Les datatypes servent essentiellement à échanger des informations/data entre apps. Ces échanges se font principalement entre étapes successives de pipelines de traitement. Nous souhaitons à terme proposer une utilisation flexible de plusieurs toolboxes (MNE, FT, BST…). Par expérience, nous savons que les transitions entre toolboxes sont compliquées. Il conviendra donc de se concentrer sur un certain nombre de transitions clés.

Puisque nous démarrons avec MNE, regardons comment se présente le typical MEEG workflow dans MNE :

Les datatypes sont en bleu (MEG) et rouge (MRI) ici. Sauf “Source estimate”, qu’on pourrait aussi passer dans un datatype séparé.

Présentation Brainlife à Laurent H

Questions suite à ce meeting :

  • Définition exacte d’un projet sur Brainlife : créer un projet “CENIR” auquel seules les personnes du CENIR auraient accès ? Peut-on y ajouter des données ?

Oui, c’est tout à fait possible, cf. la documentation sur les projets de Brainlife

  • Comment faire lorsqu’on veut traiter plusieurs sujets avec une ou une série d'App ?

Il faut mettre en place une “pipeline rule”, voir Pipelines

  • Existe-t-il un Docker Matlab (avec la version de Matlab) ?

Apparemment oui, voir brainlife/mcr et Guio va justement l’utiliser (car Brainstorm tourne sur un Docker Matlab)

  • App qui lit plusieurs formats de données ? Ajouter des conditions if plutôt que faire des Apps de conversion ?

  • Sur Brainlife lorsque j’enregistre une App, puis-je demander à ce que comme input j’ai soit un fichier .ctf soit un fichier .fif ?

  • Possible d’utiliser GitLab plutôt que GitHub ?

  • No labels