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GitHub
utilisation de mon compte GitHub perso, il serait préférable d’utiliser le Gitlab de l’ICM
voir avec Franco et Soichi si possible de donner un lien Gitlab pour une App
sinon lier le dépôts Gitlab au dépôt GitHub de Brainlife
app-temporal-filtering
enlever le resampling (faire une app à part pour ça) Fait
doit pouvoir s’appliquer aussi bien sur des données continues qu'épochées (de préférence ce doit être transparent pour l’utilisateur, si pas possible lui demander quel genre de données il donne en entrée) Fait
pouvoir appliquer plusieurs fois cette app (effectuer un notch après un passe-bas par exemple…) Fait
Rapport html
mettre les informations liées au fichier traité en haut du rapport Fait
rappeler les paramètres de configuration (listés dans le
config.json, ne pas forcément tous les préciser) Faitpour rapport de l’app-bad-channels: faire un spectre pour les flat channels + good channels et un autre pour les noisy channels + good et un spectre avec seulement les bons canaux Fait
Afficher les spectres avant après à droite et à gauche respectivement pour plus de lisibilité
peut-être ne pas garder les représentations dans le domaine temporel
app-create-events
créer une application qui créé des événements, son output serait la matrice d'évènements Fait
cette matrice serait stockée dans un .tsv (à ajouter au datatype meg/fif) Fait
app-make-epochs
à partir des events crées par app-create-events Fait
ou à partir des events déjà présents dans le fichier Fait
app-apply-ICA
doit pouvoir s’appliquer aussi bien à des données continues que discontinues
app-channel-types
sélectionne les types de canaux (magnétomètres, gradiomètres, EEG….)
renomme les canaux si besoin (à partir d’un montage par ex), en utilisant des regexp
pratique quand on a besoin d’homogénéiser des datasets
format des données
à l’issue de certaines apps, les données pourraient être ré-écrites dans plusieurs formats (par exemple après le resampling)
Passer à l’EEG
certaines apps sont compatibles avec l’EEG (comme apply-ICA, app-temporal-filtering, …)
Calcul SNR
à creuser
calculer un SNR pour gradiomètres et un autre pour magnétomètres
Récapitulatif de la réunion à Max
app-create-events
peut-être lui permettre d’ajouter des annotations sur le signal
L'équipe de MNE travaille sur la création d’un tableau de metadata
app-ICA
bien voir comment elle fonctionne sous MNE
MNE utilise beaucoup la projection ssp
app-channel-types
faire une app qui sélectionne les types de canaux et une autre qui renomme les canaux
Calcul SNR
faire une app qui le calcule ?
en entrée le signal et le bruit, et l’app fait le rapport des deux
Rapport html
version MNE utilisée à ajouter Fait
mettre tous les paramètres Fait