Muse

What is MUSE

Muse is an EEG/MEG software developed by Jean-Didier Lemarechal that reads all the iEEG data acquired at the ICM, also when different sampling rate, i.e. macro and microelectrodes. It can also be used to annotate the EEG with predifined markers.

Muse runs under linux and is installed on the ICM linux server. It can be used from a Linux machine, from a Linux cluster via Slurm or a virtual linux machine

The command lines to use Muse are:

• module load muse/1.9.35

• muse

How to use SLURM

1/ Configuration

• Ask IT for a linux account
• Ask IT for an access to the cluster
• Install GitBash
• Install Xming
• Execute XLaunch

 2/ Launch SLURM

• Open GitBash
• Connect to the cluster with the following command :

export DISPLAY=localhost:0; ssh -XY sphpc-login02

• Enter your ICM password
• Allocate ressources with the following command :

salloc --partition=medium --time=10:00:00 --mem=4G --cpus-per-task=1 --job-name=Muse

• Connect to the allocated resource with the following command :

ssh -XY $SLURM_NODELIST

• Answer ‘yes’ if a question is asked
• Send the 2 command lines to start Muse:

  • module load muse/1.9.35

  • muse

3/ How to create aliases

Aliases are shortcuts that will simplify the use of the different command lines

alias to connect to the cluster

• Aller sur C:\Users\prenom.nom
• En haut de la fenêtre windows, cliquer sur Affichage, et verifier que “Extension de noms de fichiers” est bien coché
• Créer un fichier texte, et le renommer .bashrc. (un point à gauche et à droite de “bashrc” et retirer le “.txt”).
• Ouvrir le fichier .bashrc avec par exemple NotePad et écrire : alias xycluster='export DISPLAY=localhost:0; ssh -XY login02‘
• En ouvrant à nouveau GitBash, vous pouvez écrire désormais seulement “xycluster” et non plus “export DISPLAY=localhost:0; ssh -XY login02 ”

alias to allocate ressources and connect to the allocated ressourses

• Aller sur \\lexport\iss02.home\prenom.nom
• En haut de la fenêtre windows, cliquer sur Affichage, et verifier que “Extension de noms de fichiers” est bien coché
• Créer un fichier texte, et le renommer .bash_aliases. (un point à gauche et à droite de “bash_aliases” et retirer le “.txt”).
• Ouvrir le fichier .bash_aliases avec par exemple NotePad et écrire :

alias allocmuse=‘salloc --partition=normal,bigmem --time=10:00:00 --mem=4G --cpus-per-task=1 --job-name=Muse’
alias xynode=‘ssh -XY $SLURM_NODELIST’

alias to start Muse

• Aller sur \\lexport\iss02.home\prenom.nom
• Utiliser le même fichier .bash_aliases que celui créé pour la diapo précédente
• Ouvrir le fichier .bash_aliases avec par exemple NotePad et écrire :

alias data=‘cd /network/lustre/iss02/charpier/raw/my_data’
alias muse=‘module load muse/1.9.35; muse’

How to use a Virtual Box

• Ask IT to install a Linux virtual box (epimicro installation)
• Open a terminal and send the 2 command lines to start Muse :
  

  • module load muse/1.9.35

  • muse

/!\ Muse can be very slow when used with the Virtual Machine.

Thank you to Paul Baudin who did the slides used for this page

How to use a docker

pré-requis : Docker installé et lancé (https://www.docker.com/products/docker-desktop/)

docker import [D:\muse_docker\muselatest.tar] muse:latest  [chemin où se situe l'image docker muse en .tar]